对此，奥地利表现得极为愤怒，他们宣布，禁止教廷的调查人员进入奥地利，并且给教廷送去了最后通牒，要求教廷立刻停止这种侮辱性行为，并对皇帝陛下道歉。他们表示：希望教廷立刻悬崖勒马，改弦易辙，不要在伤害奥地利人民的感情的方向上越走越远。否则，由此造成的任何后果，都应该由教廷负责。
这个话里的威胁的意思已经是非常的明显了。教廷自然不肯接受这样的威胁，并且立刻向奥地利提出了抗议。教廷表示：
对于信徒的信仰的纯洁性进行审核，是教廷的传统权利，这一权利来自于至高无上的天主。奥地利政府的无理行为，是对教廷，甚至是对天主的公然蔑视，这本身就已经滑落到了异端的边缘。
不过教皇冕下以及天主都是仁慈的，能够容忍错误的。教廷的调查，其本意也是为了惩前毖后，治病救人。这不仅仅是调查，更是帮助。所以这里面并没有对弗朗茨二世陛下的任何侮辱。弗朗茨二世陛下也应该本着有则改之无则加勉的谦逊的态度，面对来自教廷的帮助。而不应该摆出这样的讳疾忌医的错误态度，抗拒来自教皇的关怀。
所以，如今弗朗茨二世陛下，以及他治下的奥地利政府才真正应该立刻悬崖勒马，改弦易辙。教皇冕下期待着弗朗茨二世陛下的忏悔和道歉。
教廷的这一声明自然进一步激怒了奥地利，至少看起来是这样的。奥地利宣布暂停缴纳教廷的十一税。在教廷改弦易辙，取消对皇帝陛下的侮辱性的审查之前，并向皇帝道歉之前，这些税金都将暂时由奥地利皇室代为保管。
这个决定自然是令教廷大为光火。教廷为此派出了一名特使前往奥地利，要求弗朗茨二世皇帝立刻取消这个决议。但是这名特使却在维也纳遭到了不明身份的人的袭击，并因此受伤，不得不临时中止使命返回教廷。
这一事件让弗朗茨皇帝有些被动，但是他依旧坚持，在教廷取消对他的“侮辱性的调查”之前，他不会允许一个金币离开奥地利流向梵蒂冈。
于是到了这一年的九月份，教廷再次向弗朗茨发出照会，要求奥地利限期上缴十一税，否则就将对弗朗茨二世皇帝采取“断然措施”。
但弗朗茨二世皇帝继续不为所动。而奥地利的媒体也开始对教皇发起直接的攻击，甚至扬言说奥地利应该像亨利四世皇帝当年那样，打到罗马去，帮教廷换一个教皇。
当然，这种狂言，也只是说说而已，因为如今，奥地利和教皇国之间还隔着法国人的核心盟国——北意大利共和国呢。
另一些报纸则对教皇进行了各种嘲讽。他们嘲笑教皇根本就是在虚张声势，根本就不敢怎么样，一家报纸甚至在漫画中将教皇冕下描绘为躲在耶稣圣像后面瑟瑟发抖的胆小鬼。
有意思的是，弗朗茨陛下的反抗反而让他在民间的形象好转了不少。自从在和法国的战争中不断地蒙受失败之后，弗朗茨二世陛下就被很多人认为是患得患失，懦弱无能的代表，甚至于在编排他有不道德的倾向的时候，也将他描绘为“万受无疆”的那个。如今的一番操作之后，大家到还觉得皇帝陛下还有点男子汉的味道，像是一个皇帝了。
当然，这样的做法自然也让教皇不得不真正的做出反应了。于是，在1804年2月，教皇冕下正式下达敕令，宣布革除弗朗茨二世的教籍，并剥夺其“罗马人的皇帝”的称号。
而对于教廷的举动，奥地利也立刻加以回应，他们宣布教皇庇护六世年老体衰，神志昏迷，已经不适合再担任教皇。因而奥地利不承认庇护六世教皇发出的敕令的有效性。而弗朗茨二世皇帝陛下自然依旧是天主教徒，以及“罗马人的皇帝”。
而对于教廷和友邦奥地利之间的矛盾，法国人摆出了一幅和我没关系，我就是看戏的的样子。在官方层面上，法国外长塔列朗发表了这么一个声明，他在申明中表示：
法兰西共和国一贯坚持宗教自由政策，一贯坚持不干涉他国内政的原则。法兰西共和国希望看到世界上各个国家，各个宗教之间都能够和平相处，求同存异，共同进步……
总之，塔列朗外长虽然说了很多的话，但是真正压缩一下，基本上就是这么一句：关我屁事？
甚至于法国的媒体也没太在乎这件事情，这个时间虽然在第一天的时候，成功地登上了《科学真理报》的头版，但是却没能占据头条位置，因为头条位置的新闻是：“法兰西科学院正式颁发‘普罗米修斯奖’”。
是的，教皇宣布开除弗朗茨二世教籍的日子，正好就是法兰西科学院颁发第一届“普罗米修斯数学奖”和“普罗米修斯医学奖”的时间凑到一起了。所以这个决定不仅仅是没能在《科学真理报》上登上头条，也几乎没有在其他主流的报纸上登上头条。
严格来说，因为天主教毕竟是法国人的普遍信仰，所以《科学真理报》还是给了教皇冕下面子，将他的敕令放在了头版上；而到了信仰新教的那些地方，比如说像莱茵联盟和英国，这条消息甚至连头版都没轮到。
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