内阁中钱党与温党的斗争让内阁空出了位置，朱有见觉得有必要把徐光启弄进去，于是下旨，拜徐光启为礼部尚书、文渊阁大学士，正式入阁了。并且下令让徐主意举荐贤能。
徐光启举荐了孙元化，朱有见一听之下大喜过望：挖到人才了。
孙元化此时也早已不是什么默默无闻之辈了，天启年间宁远大捷，打死**哈赤，孙元化的大炮可算是立了大功了。
孙元化是徐光启的学生，天启年间进士。与传教士等接触较多，潜心学习火药大炮等技术，后被举荐协防辽东，将整个辽东的城防体系升级到了火药时代。否则大明王朝不会由宁远大捷这样的重大胜利。
可惜，宁远大捷之后，朝廷虽未特别冷落孙元化，却也将其放到了一个不合适的位置：登莱巡抚。
作为一个技术控，孙元化搞火炮可以，识人之术、御人之术就差了点。袁崇焕杀了毛文龙之后，孔有德等毛的旧部，渡海投奔了孙元化。孙容留了他们，却也为自己招来了杀身之祸。崇祯八年满清再燃战火，孔部受命北上，半路兵变，杀回了登莱，并且祸害了大半个山东之后，投奔了满清。孙元化经营的火器部队也入了满清之手。
孙元化本人因为孔有德感念其恩德放了，却被朝廷捉拿下狱，成了党争的牺牲品，最终人头落地。
朱有见觉得这个人才应当放到天启实学院里来：研制火器、训练人才。另外，可以协助徐光启挑起整个学院的管理来。在这里，可以避其所短用其所长，并且作为皇帝，朱有见自信可以使之避免成为党争的刀下鬼。这么一个人才真的不好找。
朱有见自己从内库拿出了一笔银子，又在朝会上*着户部挤出了一部分，终于在西部山区开始了“天启城”的建设。
正如前文所述，天启城建在京师西郊的山区之中，易守难攻。这里首先是一个堡垒，建有兵营、演武场、火药库。其次，这里也是兵工厂和武器试验场，主要是火器。并且在朱有见的授意下，这里建了四通八达的地道，用作战时避难所和临时指挥部——当然这是后话。
当然，从外表看，这只是天启学院的一个分校区。
孙元化奉诏入京，觐见了皇帝——也就是我们的朱有见同学。朱有见着力褒奖一番，孙元化谦虚惶恐一番不提。作为负责具体执行的人，朱有见让他也了解并参与了整个天启学院和天启城的筹划。
军事方面的作用是首要的，因为大明帝国面临后金来自北方的威胁，而根据原来的历史，大明帝国的江山被农民起义军打下来，最终却落到后金手里。大明的军队和军事体系无法有效应对这一威胁。天启实学院的军事系，要为大明新军培养骨干人才、研究新式武器和战法，并且为军事制度的革新做铺垫。
军事系要设军法科、地理科、火器科、情报科、水战科等等科目。其中情报科要找锦衣卫等旧部门的老人，尤其是参与过万历年间援朝抗日的老锦衣卫官兵，负责实例讲解并组织统编教材。
明朝的锦衣卫和东西厂在中国历史上因其特务统治作用而臭名昭著。但实际上，与东西厂不同，锦衣卫是正式的军事编制，而且在战争中发挥了重要作用。朱有见认为，锦衣卫在情报方面的作用和经验是值得关注的。天启实学院，要以科学的方法和手段总结这些经验，并且在大明帝国军事体系中运用好，作为对后金作战的一大手段。据说后金以一部《三国演义》为指导战争的兵书，那么我们就要以二十一世纪的科学态度指导战争——朱有见暗下决心道。
关于军法科。这与明军中的监军制度有关。明朝为了控制军队，派太监监军。本身制度的目的是好的。军队作为一种杀器，必须有国家的监督制约，否则就成了民国初年那种军阀队伍。二十世纪的现代民主国家也是奉行以文抑武，这方面做的好的，如印度，三军司令部分立，民选的文官政府控制国防，政局就稳定；而做的不好的，如巴基斯坦，一个总参谋长统领三军，结果就是军人政变频仍。美国的国防部长必须是文职，而参谋长联席会议，作为美国总统的咨议机构，完全受美国总统的掌控。
但是在人治的明朝，各级官员，包括军事官员的权限没有明确的规定，因事设职，因人设制，结果就是本身作为监军的太监可以随意干预军事，外行管内行。真正的军事指挥专家，在太监越权时没有任何制约的能力，只能委曲求全。甚至监军们出现了指挥失误，反而要军事长官顶缸。
朱有见打算改革这种监军制度，以熟习军法的法律专家代替太监监军，为专职军法官，类似于后世天朝的政委。军法官与军事长官分属两个不同培养和管理体系，相互监督制约。军法明确规定军法官的职责为平时申明军纪、监督长官；战时军事长官临机处置不法时，必须由军法官副署；所有奖惩事务也须至军法官处备案。特别规定军法官不许越权干预军事指挥。设立专门的军事法院体系，军法官履可行公诉人职责。
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