秋耿波的座机是在五点四十五分离开了航母飞行甲板的，从接到命令，完成装弹，再到起飞，仅仅只花了十五分钟的时间。而第一特混舰队第二批轰炸机群的所有战绩在六点十分之前就全部离开了航母的飞行甲板。此时航母上的照明系统已经开启了，航空勤务人员发出了最高的效率，平均每架飞机的装弹，以及起飞准备时间都在十分钟左右，这可以算得上是一个新的纪录了。
第一特混舰队的轰炸机群是在接近七点钟的时候到达了瓦胡岛上空的，这也是三支特混舰队第二批轰炸机群中最先到达的一支。这次，所有的轰炸机都只有一个任务，那就是去摧毁港口内的战舰，以及基础设施。当然，每一架轰炸机都分配到了具体的轰炸目标，按照规定，每架轰炸机都至少有五个目标，其中有一个主要目标，四个次要目标。如果主要目标已经被摧毁的话，那么就转为轰炸最近的次要目标。这个战术是最为有效的，也是帝国海军已经使用了数年的战术。
这次，首先接敌的不是轰炸机，而是由姚伯岩与朱小火率领的护航战斗机。在第一轮轰炸中，杨勤凯机群只得到了安士乐率领的一个中队的护航战斗机的掩护，这次，谈仁皓将剩下的所有战斗机都派了出去，出动两个中队的战斗机为秋耿波机群，以及木桃兄弟机群护航。而返航的安士乐机群将负责舰队的防空任务。
这一安排是有一定道理的，第一轮轰炸在夜间进行，而且是突然袭击，美军没有任何准备，这从前进侦察机的报告中得到了证实，因此没有必要在第一轮轰炸时安排太多的战斗机。相反，第二轮轰炸铁定在天亮后才会进行，就算摧毁了瓦胡岛上的美军机场，可附近的毛伊岛，莫洛凯岛，拉奈岛，乃至更远的夏威夷岛上的机场仍然有不少的战斗机，这些战斗机肯定会及时赶来，拦截第二批轰炸机，因此就必须要为第二批轰炸机提供足够数量的护航战斗机。如果第二轮轰炸顺利的话，那么第三轮轰炸时，其他岛屿上的美军机场都已经达到了满负荷运转的状态，且大部分精锐的防空战斗机部队已经在之前的战斗中被击溃了，所以第三轮轰炸并不需要安排太多的护航战斗机了。
相对而言，谈仁皓的安排还算是比较保守的，郝东觉指挥的第二特混舰队就没有为第一轮轰炸提供护航战斗机，而是把三个中队的战斗机全都留了下来，其中两个中队的战斗机负责为第二批轰炸机护航，而另外一个中队的战斗机则在天亮之后前往第一特混舰队，负责为更前方的第一特混舰队提供防空掩护。黄晓天的安排也比较类似，第四特混舰队的位置更靠后，不会首先遭到攻击，他也派遣了一个中队的防空战斗机过来支援第一特混舰队。
秋耿波没有去考虑这些大方向的安排，这些问题也轮不到他去考虑，他的任务就是将轰炸机上携带的那枚500公斤炸弹准确投出去，摧毁最重要的那个目标。这次，秋耿波的主要目标是港口内的大型战舰。当然，每架轰炸机都接到了这样的命令，而这个轰炸目标的顺序安排也是相当有讲究的。
因为无法肯定珍珠港内是否还有主力战舰，而这类战舰肯定是最有价值的目标，所以所有的轰炸机飞行员都被明确告知，首先摧毁主力战舰，然后才考虑轰炸港口的基础设施。当然，实际情况是，珍珠港内没有几艘主力战舰。在秋耿波机群到达珍珠港上空的时候，只有一艘巡洋舰，其他的都是老旧的反潜驱逐舰，以及非战斗舰艇。在这种情况下，两种轰炸机的任务就截然不同了。挂载鱼雷的“海雕”将集中力量摧毁所有的舰船，不管是军用，还是民用，只要是浮在海面上的舰船都在打击的范围之内。而“射水鸟”机群则转为去对付港口的基础设施。港口的基础设施又分成了好几个重要程度不同的类别。其中，大型吊车，龙门吊车，船坞，船台是最为重要的，这类基础设施被炸毁之后就很难修复，从而使珍珠港丧失了支持舰队的能力。其次就是各种各样的仓库，然后是营房，码头，车辆中转场等等。郝东觉在安排轰炸任务的时候他没有忘记另外一个重要的目标，那就是美军的战区司令部。这个任务被交给了第二特混舰队的轰炸机部队，这也算是郝东觉偏心吧。
秋耿波是一个容易冲动的人，可他不是一个没有理智的人。在发现港口内没有值得他消耗一枚500公斤航空穿甲弹的目标后，他立即决定去轰炸船坞。这也算是非常重要的目标吧，而且对付船坞这类加固类目标，只有500公斤的航空穿甲弹才有破坏效果，到底有多大的破坏效果还不清楚呢。可问题是，秋耿波在确定目标的时候犯了一个错误，他选中的不是一座停放有正在维修的战舰的船坞，实际上是一座隐蔽式潜艇船坞！
从空中看下去，潜艇船坞与其他的船坞实际上没有太大的区别。当时，珍珠港里有三座专用的潜艇船坞，这些船坞为执行破交作战的美军潜艇提供正常的维护与保养工作。除了夏威夷岛上的希洛有专门的潜艇码头之外，珍珠港里的这三座潜艇船坞是当时美军在夏威夷群岛里最重要的潜艇保障设施了。而相对与普通的船坞而言，潜艇船坞更为坚固，更加难以摧毁。当初，英国空军为了摧毁德国设在不莱梅港个潜艇船坞，还专门制造了重达2吨的超级炸弹，结果收效都不太明显。就算美军的潜艇船坞的坚固程度与经常遭到轰炸的德国海军的潜艇船坞无法相提并论，可是要想用500公斤的航空穿甲弹击穿船坞顶部数米厚的钢筋混凝土，并且炸毁其内部设施，这也是一件勉为其难的事情。
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