奉天水师筹建的稍微晚一些，但也是在顺治初年，清廷在旅顺口组建了八百人的金州水师营，船是从山东绿营水师调来的，也就十艘赶缯船，还有其他一些小船。至于两年前康熙于黑龙江的黑龙江城(爱辉)、齐齐哈尔、墨尔根(嫩江)、呼兰四个地方在原黑龙江水师的基础上扩建设立的四个水师营，水师总数稍稍多些，有两千八百人。
而此刻的三个八旗水师营早已经被调到天津，组建出了天津八旗水师，拱卫京师的安全。但是吉林八旗水师和黑龙江八旗水师很多都是人到了天津可是船却无法过来，只有奉天水师全部开了过来，其他的只能是从天津这边筹集。不过一直一来清廷都有命令各省打造船只，因此这船只的问题倒是不大，除此之外，沿江上下很多的民用船只也都被征用，清廷虽然名义上发文说给了银子，只是到了下面，具体办事的官吏却是上下其手贪墨了许多。
除了这些八旗水师，重点就是长江山的那些绿营水师了。这些绿营水师完全就是继承于前明的水师，淡然这些年还是有不少的发展的。这明末水军与清初水师都有一个共同点就是都比较注重对海上战船的建造与检查，清朝建立后，清廷为防郑成功水军，在江南与福建造了不少战船，同时实行海禁，进行严格的船只管理。只不过在福建的那上百艘大小船只都被马尾军合并了，这一点倒是让康熙恨得牙根痒痒。
明末，崇祯皇帝既要对抗北部清军和李自成起义军的进攻，又要抵御南部郑氏武装船队的进攻，疲于奔命，于是准备大造海船。先是兵部大臣向皇帝要三千艘战船，然后工部回复：按照客观规律和“会典旧例”，包括材料“油钉板木”的供给，船只质量的保障等问题，只能造一千五百艘战船。没想到崇祯帝听取了工部的回复，还真就命工部造船主事朱正色正式前往淮安的清江船厂督造海船。
明末淮安的清江船厂主要生产内河漕运船和“直隶、南京、中都、江北、山东、北直隶等总浅船”，总浅船属近海漕运船，与远海作战海船差距较大。朱正色先是监造一小批海战船作试验，看是否符合南北方远洋作战要求。建造过程中朱正色还对这一小批海战船进行突击性监督质量检验，确保可以出海航行。
可是在这一小批海战船造出后，朱正色查验船质情况，发现“板木不同，钉铁不同，式样不同，航艉不同，索揽器用不同”，认为造出的船型还是内河船，不符合远海作战与航行要求，如果大批量生产一千五百艘这样的“海战船”，将严重危及明朝命运。于是朱正色向崇祯皇帝建议，不在淮安船厂造海战船。
朱正色吸取经验然后请求在造船技术条件更成熟的广东与福建船厂建造一千五百艘海战船。崇祯再次接受了他的建议。这一点耿精忠一直倒是相当佩服崇祯皇帝的，由汉人统治几百年的明朝，他从未其他国家妥协。明廷宁可亡国，也不与清军或李自成的起义军谈判，或签订某某条约。于是，后来李自成率农民军攻入北京，崇祯在景山自缢，明朝灭亡。同年十月，清朝赶跑李自成，定都北京。
明朝灭亡之后，水师就全被清廷接收，长江山的很多战船还是当年的老式船只，海船并不多。可是不能忽略的是，顺治初年顺治帝便下旨以京口、杭州水师分防海口，这当然是绿营水师。到了顺治八年的时候，开始在沿江、沿海各省，循明代旧制，设提督、总兵、副将、游击以下各武员，遵循陆营之制。各省设造船厂，定师船修造年限，三年小修，五年大修，十年拆造。除设立水师建制外，顺治六年的时候清廷开始在各省设修造船厂。
清初船厂的战船造好后，按照质量检查条例，先由各省的造船承修官与各道的造船督修官，检查船质；然后省府的总督委派的中军等高官，到船厂再查验一次船质；最后，接收战船的水师营官进厂认真检查战船质量。没有问题后，水军士兵将战船驶回水寨，正式纳入当地的水师战斗编制。
现在沿江上下，从最大的长达三十六米的大赶缯船到最小的舢板，总数超过了两千。当然，这里面绝大多数都是小小的舢板或是其他的小船，最大的大赶缯船整个江面上仅仅只有三十艘。缯船就是现在的绿营水师的主力战船，其中大赶缯船船长三十六米多， 宽七米左右，有二十四个船舱，可载重一千五百石。每船配水手、船工三十余人，水兵一百人。中型的赶缯船长有二十三米，宽六米，深两米，配水手、船工有二十多人，水兵只六十人。不过大、中赶缯船均是双桅、双舵 、双铁锚，在江面上速度倒是很快，机动性很好，唯一不足的就是火力不行。
现在清军绿营水师的另外一种主力战船就是沙船，不过这些沙船大部分都是从松江府上海县长江口征调来的，原来绝大部分是属于民用商船。这全国也就在这长江口一带才有沙船这种平底海船，沙船结构独特。沙船方头方尾，俗称‘方艄‘；甲板面宽敞，型深小，干舷低；采用大梁拱，使甲板能迅速排浪；有‘出艄‘便于安装升降舵，有‘虚艄‘便于操纵艄篷。船上装有多桅多帆，航速比较快，舵面积大又能升降，出海时部分舵叶降到船底以下，能增加舵的效应，减少横漂，遇浅水可以把舵升上。加上沙船吃水浅，阻力小，能在海上快速航行，适航性能好；载重量大，因此在这风浪比海上小很多的长江上更是好用。
沙船这玩意载重可是不小，最大的可以达到三千石也就是有八百吨，最小的也能达到一千石两百多吨，因此反倒是成了长江口江宁一带绿营水师的新的主力战舰。此刻的长江下游，经常可见江宁绿营水师在江面上巡航，大小沙船以及其他船只密密麻麻几乎阻塞江面。在刘国轩率领外万水师进入长江之后，江宁绿营水师提督王之鼎便受到了消息，随即率领本部水师舰队向长江口进发迎敌。
台湾水师的战舰普遍个大，主体都是福船，大福船五艘和二号福船十二艘，其中更有不逊色西洋风帆战舰多少的二号宝船两艘以及仿西洋战舰建造的战船八艘，其他的皆为小型快船。大小船只浩浩荡荡一百二十余艘，乘着东风开进长江。而王之鼎这边展出啊难道数量更多，最大的战舰是五艘远洋海船，在刘国轩眼中可以叫做武装商船，船身长达五十米，乃是最大的船了，其他各式大小沙船多大两百余艘，赶缯船三十艘，其余舢板之类的小船多大千余艘，不过这些小船都被改装成了火船随时待命，在这长江之上，只怕刘国轩的舰队不仔细应对的话将要吃大亏！
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