黑田清隆一直为俄罗斯对库页岛的势力扩展与日俱增（当时库页岛状态为两国杂居）深感忧虑，在明治三年5月他就任北海道开拓使次官后便大力整顿北疆。7月开始黑田清隆前往库页岛，和当地俄罗斯官吏交涉，并在视察北海道后返回江户。及后由明治四年1月到5月，他出国游历美国和欧洲。旅途中，美国人开普伦担任了黑田清隆的顾问，为日后更多外国顾问得以前往日本协助进行维新铺平了道路。回国后，在10月15日开拓使长官东久世通禧辞职后，黑田清隆着手领导开拓使的工作。明治七年6月23日，黑田擢升成为陆军中将，及被任命为北海道屯田宪兵事务总理。同年8月2日，成为了参议兼开拓使长官。黑田清隆起用了以往在夏本武扬领导下曾在箱馆当职的旧幕臣参与北海道的开拓工作，依靠开普伦进行政策指导和技术传授，并按照开普伦的建议开始加大投资北海道的事业，以加强北海道的建设，阻止俄罗斯势力日益南扩。然而，由于在短期内开拓官厅的支出严重超出，迫使黑田清隆苦思积虑缩减开拓规模，道路、测量等基建项目均迅速了事，只选取部分具有效收益的产业活动重点进行投资。
黑田清隆虽然景仰西乡隆盛，但他不赞同西乡隆盛对外扩张的“征韩”主张，他认为不能随便对相邻的乾国及俄国作出挑衅。明治六年，明治政府内部出现支持征韩论与否的争议。当时黑田清隆便从重视内政的立场上反对了西乡隆盛等人征伐朝鲜的主张。并在明治七年日本出兵台湾后，主张不和乾国全面开战，尽快进入外交谈判，防止乾国及俄罗斯帝国对日本断然出兵。
黑田清隆一向认为俄罗斯才是日本的大敌，鉴于两国已经在安政二年签订的《日俄和亲通好条约》中确定库页岛为两国共管，因此经常发生主权冲突的问题，故而黑田清隆主张放弃遥远的库页岛，以免和俄罗斯有进一步冲突，并力促早日开发北海道作为防俄基地。明治八年日本政府和俄罗斯商讨两国在库页岛的交界问题，由于库页岛和千岛群岛同是北海道开荒使的管辖范围，受理和让出当中的领土属黑田清隆的职务，日本政府派出黑田清隆作为特命全权公使出使圣彼得堡，负责和俄国人谈判缔结库页岛和千岛群岛方面的条约。
由于长年和俄国人打交道，黑田清隆对俄国人的了解，可以说极其深刻，是以松本十郎在一说出有人提出来要向俄国借兵以求平叛的事之后，不由得又惊又怒。
“何人出自主意？此乱国之贼也！当斩之以谢天下！”黑田清隆大叫道。
“黑田君还是不要说这样冲动的话为好。”松本十郎向周围望了望，此时在这间车厢里，只有他们两个人，但松本十郎的动作还是表现出了对“隔墙有耳”的担心。
“难道，是大久保阁下或是伊藤阁下的主意？”黑田清隆一愣。
“不是。”松本十郎摇了摇头，“据说最早是现任兵部省高级顾问的米国人李仙得向大久保阁下提出借兵外国的建议，但大久保阁下没有同意，于是便作罢论，而今战事日益不利，李仙得又重提前议，并提议借露西亚在远东之海陆军前来助战，可迅速平定叛乱。大久保阁下这一次没有明确表示同意或是反对，但大久保阁下要外务省联络列国公使，搜罗军事顾问，似有松动之意。”
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