及至之后与阿星的对话，从阿星口中，她知道了一些事情，加上这些年以来她长久以来的思索，以及所知晓的情报，她心里就有了另一番推测……
葛城美里绝对是一个高智商的人，光从她在Nerv的地位就可以看得出来，几乎是除了总司令碇源堂以外最大的管理者了，战时的最高指挥官，这本身就是她能力的体现，在新剧场版中，Nerv剧变后，她更是直接成为了新势力的老大，几乎就算是人类最后力量的总舰长，以此来对抗Nerv，她的天赋与智力岂可小看？
这么多年以来，她心里其实也有无数的疑惑，纵观人类文明进程，2000年以前，与2000年以后几乎就是截然不同的两种文明，不谈第二次冲撞，光是从科学进步来说，2000以后的科学几乎就是断层式的进步，许多科学根本没有任何前置研究就直接成型，而且还是跨越了人类目前科技层次的水准，这种科技还不是一样两样，而是几乎遍布了整个人类社会的进步，这本身就是不可思议的事情，除了这一点以外，更还有许多细节处都透露出了真相，那就是自2000年之后，一只幕后黑手在操纵整个人类社会。
对于这一点，葛城美里早已发现，她也有自己的信息渠道与调查渠道，所以她知晓SEELE组织的存在其实很正常，只是她并没有想到，SEELE组织或许与使徒有关系，甚至很有可能……使徒，就是SEELE创造出来的！
（作为一个隐藏在文明背后的潜伏组织，SEELE确实拥有巨大的人力物力，乃至科技力也甩了人类文明几条街那么远，但是这个组织本身是见不得光的，若是这个组织打算毁灭全世界，那么顶多就是第三次世界大战的爆发，人类或许毁灭，或许不会毁灭，但是SEELE组织的打算是肯定无法达成……哼，人类补全计划吗？）
葛城美里面无表情的站在指挥台上，但是她心里思绪万千，更是冷笑连连，要知道人类可不是羔羊，事实上，人类才是整个地球圈最恐怖最可怕的猛兽，SEELE组织要让人类乖乖的挨个排队，变成泡沫材料来达成所谓的人类补全计划，这本身就是一种妄想，但若是借着所谓使徒的手段，借着所谓第二次冲撞，第三次冲撞什么的噱头，那么人类很可能就会上当受骗了……
（所以，这么一推理，什么情况都明了……很可能，当初南极的巨大生物，就是SEELE组织投放或者安置的，吸引全世界各个国家排除科学家去研究，然后SEELE组织再用暗手引发了第二次冲撞，之后又提供信息，提供科技，提供渠道等等，让各个国家政府有了所谓第三次冲撞的概念，再成立了Nerv，再制造出了EVA去对抗使徒，呵呵，能够制造出EVA，那么距离制造出使徒还远吗……我早该想到的……）
葛城美里又露出了一丝苦笑，她又一次用手握住了胸口的十字架……
（知道罗杰这个使徒的存在，并且知道Nerv的动向，还可以控制天上那个使徒随时远离与接近，就为了阻止罗杰进入最终教条……SEELE，我的仇人……）
“是你们啊！”
葛城美里低声吼了这一句，再抬头起来时，就直接说道：“依照原作战计划，EVA初号机，EVA零号机，EVA二号机，三机结束休整，弹出到三个区域，计算使徒落点时间……出击！”
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