宋江率汉军攻入外郭城内，随即率大军配合王安海攻打上元门，驻守上元门的兵部尚书杨成起率五千明军发炮进攻，遭到汉军从城墙上、城内、江上发炮猛轰夹攻，明军将士死伤惨重，杨成起带着两千余残兵败将朝着佛宁门逃去，宋江率一万大军继续配合王安海一举攻下佛宁门，杀得杨成起率七千余明军退守南京城北狮子山阅江楼城墙。
林宏率一万大军携带三十六门舰炮、大将军炮猛轰姚坊门城墙城楼瓮城掩护攻城将士作战，汉军一举攻破姚坊门，攻入外郭城内，向既定目标钟山发起进攻，迅速攻占南京城制高点钟山，对南京城形成居高临下威慑。
陈大虎率两万大军在王安海派出一支舰队协助下渡江登陆进攻江东门，江东门外有秦淮河汊河，有江东桥连通江东门。陈大虎在江东门外部署八十门火炮发炮猛轰江东门城墙城楼瓮城，压制城墙的上明军。
工兵营将士及民兵迅速在秦淮河汊河上搭建浮桥，汉军将士迅速从浮桥、江东桥上冲到江东门城外架起攻城梯布满城墙蚁附攻城，魏国公徐弘基率神机营（包括隆庆时部分分拆后的振武营）一万明军奋起抵抗，遭到城外汉军火炮、铅弹、箭矢射杀死伤不轻，随着汉军蜂拥冲杀上城墙，徐弘基带着神机营残兵败将溃逃下城退守南京城城西清凉门一带。
刘庆攻占雨花台后将三十门舰炮部署在雨花台上，居高临下发炮猛秦淮河北岸的聚宝门，刘庆亲率一万余大军在火炮掩护下经长干桥冲杀到聚宝门外，汉军将士扛着攻城梯布满聚宝门左右城墙发起进攻，南京城城墙比外郭城城墙更高，汉军竹制攻城梯也不断加长。
城外汉军接连不断发炮猛轰城墙，弓箭手、火枪手接连开枪放箭掩护攻城大军，城上明军将士根本抵挡不住汉军猛攻，汉军将士接连不断冲杀上城墙来，聚宝门明军残兵败将纷纷溃逃进城中，或是跪地请降。
赵参鲁在将士护着慌忙逃下城去，聚宝门丢失，汉军迅速攻入南京城内，城中顿时大乱，地痞无赖趁机作乱，城中火光从天，喊杀声，惊呼声不断响起。
魏国公徐弘基镇守的城西清凉门也被陈大虎率两万汉军攻上城墙，徐弘基吓得落荒而逃，汉军从城西迅速攻入城中，陈大虎率一万余大军直奔城北杀去，与攻打城北的宋江、王安海内外夹攻，迅速攻占城北金川门一带，南京兵部尚书杨成起被炮弹炸死，汉军不断攻入城中，太平门也被汉军内外夹攻下被攻破。
应天巡抚刘应麒防守的城东正阳门、朝阳门也很快被何崇奇、林勇、吴炎攻破，应天巡抚刘应麒城破被俘，汉军攻入南京城内，迅速控制全城，开始加紧控制城中乱局，斩杀趁机作乱的地痞无赖，城中治安逐渐好转。
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