关东博士集团遭到致命打击。
淳于越郁愤而死。伏生、羊子等博士惨遭禁锢。还有一些博士既不愿意供职于朝堂，又无法离开关中，无奈之下只好出走咸阳隐居山林，比如崔广、唐秉、吴实、周术等四位博士就带着一些弟子隐居于商山，后被人称为商山四皓。
短短时间内，大秦七十博士存者寥寥，始皇帝用来融合中土文化的博士参政制度名存实亡。
大秦本土研习的是法家学术，各级学府遵从的是“以吏为师”的教育制度，所以《焚书》令对大秦本土影响甚小，但在关东郡国却掀起了血雨腥风。
在激烈对决过程中，做为弱者一方的关东士人在生死存亡之刻也出现了分裂。
信奉变通之术者或者居心叵测者，马上向秦人“缴械投降”，先保住性命再说。留得青山在，不怕没柴烧，只要性命保住，一切均有可为，而关东郡国的秦人当然不会赶尽杀绝，他们还需要这些关东士人的帮助以稳定地方和发展地方势力。
还有一部分关东士人则誓死抗争到底，不但不遵令焚书，还继续聚众叛乱。关东郡国的官长们当然不允许这些人与自己作对，损害到自己的利益，所以痛下杀手，坚决镇压。
中原、河北、山东、两淮和江东等地都出现了坑杀叛逆的血腥事件，尤其两淮的楚王公子昌和江东的吴王公子高，下令坑杀的叛逆都在万人以上，而受到连累的无辜民众多达几十万，其中就包括了不少名士大贤和他们的弟子门生。
按照始皇帝的要求，这些关东叛逆或被发配到北疆，或被流放至岭南，绝不允许继续留在关东为祸。
这场风暴一直延续到第二年的春天才逐渐平息，始皇帝和“集权”贵族集团以极其强硬的手段摧毁了传承数百年的儒家、道家等诸子学术，独尊法学，捍卫了“法治”，《韩非子》一书更是做为法家学术思想得到广泛传播，为大秦继续行进在“法治”轨道上夯实了基础。
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这一年的冬天，北部疆域无战事，匈奴人也没有攻击河西大月氏，而是忙于平定内部的叛乱。
攘外必先安内，匈奴人也不例外，这给了秦人实施“以夷制夷”策略的时间。秦人在西北疆暗中帮助大月氏加强防御实力，在东北疆则议和安抚东胡诸族，怂恿他们反击匈奴，而在代北等地，秦人借助边市回易，借助双方商贸的往来，以重利诱惑依附匈奴的楼烦、林胡、澹林等诸种部落，或暗中策反，或激化其内部矛盾以挑起争斗。
边塞战事的停息给北疆赢得了宝贵的休养生息时间，各边郡在有限的中央财政支持和蓼园一系的巨贾们的持续投入下，开始从恢复期缓慢转向发展期。
大秦本土郡县自实施“轻赋薄徭”之策两年多后，因为风调雨顺和局势稳定，再加上中央政策对本土国民的倾斜，导致本土国力的恢复速度大大加快。
太子扶苏和右丞相隗状在春耕之后返回咸阳，把巴蜀、荆宛和江南等地的粮食连获丰收，国民正在摆脱苦难的消息奏报于始皇帝，始皇帝欣慰万分。
关东地区的国力恢复速度不尽人意，一方面这和关东地区频繁动荡的局势有关，另一方面则和统一前后秦人对关东地区的疯狂掠夺有关，如今中央为了统一中土文化和稳定关东局势，又给了地方郡国更大的权力，而地方势力为了加快自身发展速度，果断加大了对关东民众的盘剥，这导致关东国力恢复的速度越来越慢。
同样是“与民休养、轻赋薄徭”的政策，但在不同的地区由不同的官员去执行，其结果却是截然不同。
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始皇帝三十二年夏，天下郡县奏报，大秦本土形势一片大好，关东地区的形势正在好转，帝国似乎已经走上了平稳发展的道路。
然而，始皇帝和“集权”贵族集团却看到更大的危机正扑面而至。
关东郡国如愿以偿地扩大了自身的权力，占据了更多的财赋，而这些权力和财赋在帮助他们增加镇戍力量以保证地方稳定的同时，也增加了他们自身的实力。按照这样的局面发展下去，要不了几年，关东郡国的力量就强大了，如果他们联手，足以抗衡中央。
遏制和打击关东郡国力量发展的办法不是没有，但任何一个损害到他们利益的政策都会遭到强有力的抵制，这种对抗直接危及到了关东地区的稳定，危害到了帝国和平统一的局面，也影响和阻碍到了帝国国力的恢复，所以咸阳现在不能主动出击，只能维持目前的政策，先把大秦本土稳固起来，把中央权威建立起来，等到中央财政危机解决了，咸阳有了充足的财赋，再出手镇制。
这里面还有个前提，那就是北疆局势要始终保持稳定。
北疆的稳定与否直接关系到大秦本土的安危。如果匈奴人在南北战争中取得了优势，频繁入侵，那么中央必然要投入巨大财力进行南北战争。这个消耗非常庞大，仅仅依靠大秦本土的财力肯定不够，必须倾尽整个中土的财力，但关东郡国力量假如不予配合甚至与中央公开对抗，那咸阳就非常被动。
始皇帝和宝鼎在这段时间就这一问题反复商讨。
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