等到嘉靖四十一年，会试后参加殿试，以第三甲一百六十名赐同进士出身，初授山西榆次知县。时值榆次连年灾荒，民众饥寒，流离失所。萧大亨张榜招抚流民，呈请发仓赈济。并力除时弊，改革赋税，百姓拥戴。
嘉靖四十三年，萧大亨以政绩优异而升户部主事。离任榆次之时，“老幼攀辕泣下”。嘉靖四十四年，擢户部主事。翌年，升户部陕西司郎中。
之后，历任河南按察司佥事、陕西按察司佥事、山西布政司右参议。于边陲之地抚民备兵，参与督师出边，打败南侵的鞑靼敌军。并把握时机，达到“款贡”之礼，促成贡市。
隆庆六年，萧大亨因其母年老，上疏回籍终养。次年返乡途中，在离家五百里处，接到其母讣闻，便散发跣足兼程徒步，日行百余里赶回家中，守丧三年，内外称孝。
服除，历任山西按察副使，山西右参政等职。万历八年，任宁夏巡抚。翌年改任宣府巡抚，成为独当一面的封疆大吏。
宣府地近土默特丰州滩，夷汉杂居，关系复杂。时有一台吉名哈不慎者，麾下骑兵骚扰边民，大亨单骑出塞予以平息，使服其威而无不从命。万历十二年，朝廷为其加兵部右侍郎衔。
他的后续履历不必再说，因为到此已经可以说明很多问题了：作为一个山东人，他必然出身北榜；他从初入官场就在山西任职，此后辗转河南、陕西，然后再回山西——自始至终在实学派的主要势力范围内任职。那么，他是哪派的人还需要说明吗？
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PS：实在抱歉，因为一场时间极不凑巧的感冒，被当做大熊猫观察和照顾了两天，万幸的是目前看来应该真的只是感冒……希望如此。再次致歉。
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