伊集院忠栋触犯了岛津家的政治大忌，尤其是威胁到了岛津忠恒的地位，就算岛津义久、岛津义弘肯饶过他，岛津忠恒也不会放他一马。伊集院忠栋从他企图通过政治运作让伊集院忠真成为岛津家嗣子的那时起，就已经注定了非死不可的命运。
不过这里头还有些有意思的线索，如据《庄内阵记》载：“石田治部少辅三成，原是太阁提拔之大名，地位近于老中，察知内府家康公将夺天下政务之权，内谋奉若君以除内府，欲倚御家为援。乃将幸侃入道阴谋之事，一一秘密通报忠恒公。因之，忠恒公急商惟新公，以为事不可延，否则谋泄，难再图之。”
按此说法，岛津忠恒知悉伊集院忠栋的“阴谋”，反倒是石田三成主动向他透露的，目的则是拉拢岛津忠恒，向岛津忠恒示好，同时也是用伊集院忠栋来分化、牵制岛津家。
当然，石田三成自己是个爱用“阴谋”之人，因此多少有点以己度人，显然没料到岛津忠恒反应那么激烈和直接，竟会采取当场斩杀这样简单粗暴的处理方式。
另外，岛津忠恒在诛杀伊集院忠栋之前，肯定是跟岛津义弘商量过的，虽然《庄内阵记》没有记载岛津义弘如何表态，但从上下文看，岛津义弘应该是同意了的，至少是默许了。要知道，岛津义弘和伊集院忠栋可是儿女亲家，他若不点头或者不默许，岛津忠恒恐怕不太可能直接杀人。
当然了，这里头搞不好还有日语固有的暧昧不清之故：很可能岛津义弘当时表达的实际意思只是“伊集院忠栋的问题确实需要解决”，但岛津忠恒故意理解成了“伊集院忠栋可杀”。
至于杀完之后的问题，岛津忠恒嘴上说赦免伊集院忠栋的家人，其实并非如此。他杀了伊集院忠栋后，又命人前往伊集院家宅邸，将伊集院忠栋的夫人吉利氏以及伊集院忠栋的次子小传次、三子三郎五郎、四子千次郎徙至伏见城东的东福寺囚禁。
这样做的目的很明显，是打算以吉利氏等人为人质，胁迫留守日向庄内领地的伊集院忠真就范。岛津忠恒还派人前往大隅富隈城，向岛津义久报告伊集院忠栋伏诛之事。
伊集院忠栋和石田三成私交甚好，又是丰臣政权安插在岛津家内的一颗棋子，在丰臣政权体制中好歹也算是一号人物，岛津忠恒擅自杀死伊集院忠栋，是有违当时法度的。石田三成虽然在佐和山城蛰居，但仍暗中操控京中的奉行众，所以他知道此事后尤为恼怒，派安宅秀安前往岛津宅邸责问岛津忠恒：
“幸侃尝承先太阁之宠命，犹公朝之臣，非唯岛津家之臣也。今不先请而诛之，君宜避舍以待罪。”
按照石田三成的授意，岛津忠恒被从宅邸带离，安置于长谷寺，后徙高尾寺，又徙神护寺。当然，岛津忠恒毕竟是国主大名，身份非同一般，奉行众也不能迳直对他作出处分，而是要等待德川家康等大老的裁决，所以只能先关押起来。但石田三成又怕岛津家有人来劫持，故而三徙其地，使外人搞不清楚岛津忠恒究竟关在哪里。
德川家康也对岛津忠恒擅杀伊集院忠栋一事非常关心，曾先后派井伊直政、伊奈忠次等得力手下前往探视岛津忠恒，了解事情经过细委。
这段时间里最紧张的当数岛津义弘，因为此刻天下大势未明，岛津忠恒又出了如此大事，岛津义弘生怕伊集院忠栋的党羽前来生事，只得命令岛津家宅邸闭门戒严，家中众人按照两军交战的模式，在宅院里拉开阵闱，安营布阵，日夜值守。
在岛津家的老巢萨摩大隅，富隈城的岛津义久也收到了岛津忠恒手刃伊集院忠栋的报告。据《岛津国史》、《庄内阵记》记载，岛津义久事先也知道并“同意诛杀伊集院忠栋”之事(不排除他的情况和义弘一样)，所以他特地提前离京回国，以制造“不在场证据”。
甚至老辣的岛津义久还反将一军，主动写信给石田三成：“幸侃被杀一事，不知是否出自三成殿的授意？愚以为，此事十分不妥，忠恒亦未曾与拙者等商议，实在是鲁莽之极。”
在信中，岛津义久不仅把自己的责任推得干干净净，还反过来询问“不知是否出自三成殿的授意”，估计石田三成看到这封信得气个七窍生烟。
调侃完了石田三成，岛津义久接下来就得着手处置伊集院忠真了。岛津义久一边派人到日向都城告知伊集院忠真，要求伊集院忠真到富隈城参见；一边调集兵马，命新纳忠元、北乡时久、颖娃久音、入来院重时等萨摩众封锁从日向都城前往大隅、萨摩的主要通道，对日向都城进行战略包围。
一边叫人家来，一边又不让人家来，岛津义久如此操作，显然是要把伊集院忠真逼到走投无路的境地，迫使其起兵反抗，然后就可以对其赶尽杀绝了。
伊集院忠真并不蠢，估计是看明白了岛津义久的意图。时至今日，他只能写信给岳父岛津义弘，诉说苦衷：“惊闻家父幸侃突遭处决，至于吾身应如何处置，亟待龙伯公示下。然而，眼下出入庄内诸路口均已封禁，时有士兵在各处放火，令人疑惑，无法理解。若能保证吾家家门延续，吾愿前往参见龙伯公，甘受任何处分。”
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