这时赵秉钧道：“抚台大人，军官们联名上书一事怎么处理？”
袁世凯的脸色一沉，道：“孙仲奎、万坤等人明天立刻执行枪决，首级号令三日，以儆效尤，凡在上书中属名人员，所有军职全部免除，立刻全部抓捕收监，听候发落。再有给他们求情的人，全部同罪。”
赵秉钧听了，顿时精神大振，道：“卑职尊令。”
袁世凯又道：“芝泉。”
段祺瑞起身应忙道：“在。”
袁世凯道：“你马上招集你部的军队，一面严守刑场，一面留心各部队的动态，凡有轻举妄动者, 一率抓捕，凡有敢于反抗者，可以当场格杀。”
段祺瑞的精神一振，赶忙应声道：“是。”
袁世凯默许孙仲奎、万坤领军私下里加入地主联盟的军队，一方面是试探一下海外华人的决心，看看他们是否真敢冒着和清廷彻底撕破脸的危险动手，结局当然是令袁世凯十分沮丧的，海外华人出手既大胆又巧妙，不仅连夺了三个县城，居然还想一招桃代李僵之计，给朝廷还留下了颜面，不致于彻底闹翻。但也表示海外华人对山东志在必得的决心。虽然海外华人找李鸿章出面来压制袁世凯，但那只是希望通过不对抗的手段迫使袁世凯屈服，而并不是怕和袁世凯开战，袁世凯并不怀疑，如果李鸿章起不了作用，海外华人一定会毫不犹豫的发动夺取山东的战争。
而在另一方面，袁世凯还有一个想法，就是借这个机会打压一下北洋新军中的山东势力。现在山东人已经在北洋新军内部形成了一股不容小视的势力，尽管基本都是中下层军官，但现在也都想更进一步，爬上北洋新军的高层。这一次数十名军官联名上书袁世凯，要求赫免孙仲奎、万坤等人，这不仅仅是为了尽同乡之谊，也是向北洋新军的老旧势力发出的挑战。如果袁世凯屈从于这些山东籍军官的压力，赦免了孙仲奎、万坤等人，那么他们下一步肯定就是在北洋新军中谋求更高的职位。
袁世凯对这一点看得十分清楚，知道这种风气是绝对不能助长的，必须要坚决的打压，否则北洋新军就会失控，如果说是以前，袁世凯或许还要顾忌一下山东士绅的感受，因为北洋新军的山东籍中下级军官，基本都是来自士绅家庭，而袁世凯又打算是把山东当自己的后院来经营，自然也不能把山东士绅得罪得太狠了，因此在处理山东籍中下级军官时，也会有所顾忌。但现在袁世凯己经决定放弃山东，自然也就不会再在乎山东士绅的感受，而且正好可以借这个机会，狠狠的打击北洋新军里的山东势力，将一部份人清除出北洋新军去，确保袁世凯对北洋新军的绝对统治。
于是袁世凯也就不客气了，一方面仍然对孙仲奎、万坤等人依然处以极刑，另一方面对联名对给孙仲奎、万坤等人求情的中下级军官进行严厉的打击，同时也防止有人借机发动兵变。段祺瑞部统领的军队都是袁世凯在小站练兵时的军队，不仅训练时间长，战斗力强，而且忠诚可靠，因此由他负责警戒，袁世凯也能够完全放心。
就在当天晚上，赵秉钧分派人手，将联名上书求情的中下级军官全部抓捕收监，而段祺瑞也率领本部军队，控制军营要地，而就在第二天，袁世凯通告全军，述明孙仲奎、万坤等人违抗的军纪，当众执行枪决，参与联名上书求请41名中下级军官，全部抓捕入监，等候处理，同时告戒全军，凡事再有敢违抗军纪的人，全部都将严惩不待。
这一下北洋新军全军震动，由其是山东籍的士兵、军官，感受到了强大的冲击，不过由于参与联名上书求请41名中下级军官全部被抓，而且段祺瑞又派兵守住军营的各处要地，因此虽然其余的山东籍中下级军官心里不忿，但也无法有任何做为。
随后袁世凯又分别向青岛和上海发电，向穿越者是表示歉意，而向李鸿章则是为自己开脱解释，并请李鸿章帮自己周旋。
而就在三天以后，袁世凯又一次下令通告全军，参与联名上书求请41名中下级军官，只留用4人，并且都处以降职，而除名37人，其中的23人被判以3-5年时间的监禁。这一来整个济南府都是一阵哗然，因为判以监禁的这23人全部都是来自山东地区的大豪族，大士绅之家，也就是说这一下子袁世凯把山东的主要士绅都给得罪了。
山东的士绅们自然都不甘心，于是联名向袁世凯提出抗议，要求袁世凯立刻放人，并且恢复他们的军职。但袁世凯却表现得十分强硬，坚决不让步。
这一下自然是进一步的激怒了山东的士绅们，如果是在平时，自然是派人进京去告袁世凯的御状，毕竟山东离北京很近，不少士绅都和北京的权贵有密切的来往，不过这时朝廷远在西安，暂时无处申诉，于是山东的士绅们联合起来拒绝向北洋新军提供额外的支援，甚致是拒绝交纳税赋，另外又有一批山东籍中下级军官从北洋新军中申请辞去军职。因为现在北洋新军的军饷有一大半是靠山东的士绅们提供的钱财来維持，这也是袁世凯吸纳了大量士绅子弟进入北洋新军的主要原因。现在袁世凯即然将这么多的山东子弟从北洋新军中除名，那么山东的士绅们也就没有理由继续支助北洋新军。
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