趁着这个空儿，与这位老同行讨论了一下物理的课程设置：第一年讲物理学中的力学、声学；第二年讲热学、光学；第三年讲电学、磁学；第四年讲授“物理教授之次序方法”，物理教学法前身。每周都是3个小时，考虑到初次学习物理，分成三次，每次1小时。
计议已定，孙元起方回去准备。这半年多，孙元起已经会认会写很多繁体字，只是榜书时不注意还会顺手写简体字——学生们认为是“白字”——而且写得拙劣，至少比起学生们工整秀媚的蝇头小楷是差远了。如今备课准备的，就是考虑板书该写哪些字的问题。
光绪二十五年正月二十日，京师大学堂正式开课。
大学堂有格致讲堂——也就是物理教室——两处，分别是给仕学、中学两批人准备的。按照中文总教习许景澄的看法，“俟算学门径谙晓，再及格致、化学等事”，即先学好数学，再考虑学物理、化学。眼下，只有仕学院的学生在选拔进来时，数学成绩不错，可以直接学物理。
去年十一月开学的时候，已经发了教材，正是孙元起呈递给孙家鼐的那几本，封面依然是“初等物理教科书”，扉页上却改成“孙元起百熙先生著，京师大学堂刊行”。孙元起见了，只能付之一笑。
即便之前在崇实中学神经已经被锻炼得粗大无比，当孙元起走进仕学院格致讲堂时还是大吃一惊：讲台下坐着二十几个人，年龄小的也有二十岁，年龄大的怕有三四十岁，大部分都留着胡髭，显得愈发老成。人人面前除了砚台、毛笔之外，还摆着一套三册的物理课本。有些崭新如初，看来是一直没有开卷；有些则已经磨出毛边，想来是经常翻阅。但无论如何，都保存得非常好。他们看见自己进来，都用惊异的眼光盯着孙元起。
孙元起大致扫了一眼，用发干的嗓子说道：“大家好，我叫孙元起，字百熙……”
在孙元起对自己大龄学生们感到惊奇的同时，学生们感到的震惊并不比他少。多年后，有人写文章回忆这段岁月时，还掩饰不住当时的惊奇。文中说道：
大学堂之开学也，在二十四年之仲冬，先颁诸科之教材。余试阅之，文史各本多陈词滥调，无非忠孝仁义；而西学各本，太半译自西洋，佶屈聱牙，难明其意。惟有格致教材，名曰“物理”，初以为误也。及开卷，则图文并茂，妙趣横生，寓哲理于粗浅之中，藏妙思于平白之外，并无胶涩之感，因生信服之心。如此涉浅入深，非邃于此道之巨手不能为也。视著者，署曰“孙元起百熙先生”，乃以为是学界耆宿。然问诸同行，咸云不知。
二十五年春正月，大学堂课开，同窗无不翘首。上课钟声既响，一少年翩翩然入，身形修颀，面容白皙，眼神燦烁，顾盼生姿，居然美男子。众人初以为同学。及其径登讲台，又以为助教。已而开口曰：“某孙元起也，字百熙。”一座震愕，相对瞠目结舌。世传有生而知之者，余初不之信。今观诸孙先生，则信矣！
……
孙元起自然不知道学生们的震惊，因为是第一节课，而且面对的是一群大龄青年，所以讲的内容比较宽泛且丰富。首先是宣讲物理的学科范畴和实际作用，再介绍经典物理学的基本框架和主要内容，接着说明课本编写的主要思想和面向对象，最后介绍本学期阶段学习的目标。就这样天南海北的扯上一通，第一节课就下课了。孙元起最后说：“第一节课，我们主要说明物理是什么，能干什么；然后明白自己要学什么，做什么。从下一节课起，我们正式开始讲授力学，希望大家能预习课本力学分册的前五页。就这样。”
看到下面学生静谧一片，没有什么疑问，便整理一下自己的讲稿，迈步走出教室。赵景行听到下课钟声，早已跑到门口候着，见孙元起出来，接过书稿装进书包，跟在孙元起背后，渐渐走远。
“哄——”讲堂中的学生顿时一反平时沉稳之态，大声讨论起来，仿佛不大声就不能表达自己的惊奇之情：
“天哪！这位孙先生也太年轻了吧！”
“返老还童么？”
“看到他的书童没？估计才十一二岁，他肯定大不到哪儿去！”
……
其中有四个人在角落里围成一圈，一个衣装鲜整的年青人先说道：“这格致课果然很有趣，就是不知说得错没错？”
“这得问功先。”另一个人答道，“功先，这位少年先生如何？”
叫“功先”的青年蹙起眉头：“应该是不错的。只是他懂得比我多，我大不如他，所以不好评价的……”
“既然功先都说不错，那定然是好的！”第一个青年点点头，“不过，这位先生也忒年青了吧？说是我们的学生，怕都有人信！”
“胡说什么！”一直没有说话的人开口斥道，大约因为他年岁比较大，说话间有一种大哥的气势，“师道尊严，知道不？一日为师，终身为父！”
那两三个人都连连称“是”。过了片刻，还是第一个青年说话：“先生这么年青，就可以著书立说、登台授课，却不知是家学渊源，还是天赋异禀？”
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