扫除城南碍手碍脚的练勇之后，林凤祥率西殿太平军精锐万人与李开芳会合，太平军集中两部炮队，依托城南坚固民居修筑的营垒，以火炮猛攻南京城。这些火炮中，尤其以新运到吴三桂三千斤大炮威力最大，城内多处建筑被轰平，连陆建瀛坐镇的聚宝门城楼也被打得千疮百孔。
陆建瀛虽然视财如命，但见太平军如此猛烈的攻势，这时也慌神了，几欲弃城而逃。练勇头目张炳垣逃回城内后，此人卑颜奴媚，全然没有读书人的气节，在自己手下被陆总督炮轰驱散之后，依然死心塌地的效忠朝廷。见太平军砲子猛烈，当即献计以牛皮泡水后包裹藤盾，再蒙以渔网竖立城头抵挡砲子。
陆总督已经无计可施，见有人献计自然是言听计从，他也怕太平军的砲子不长眼睛打到自己，当即命人按张炳垣所说的操办，一试之下太平军的实心弹多数被拦住，倒也十分灵验。
见张炳垣的计策管用，陆建瀛又起了侥幸心理，以为有张炳垣这位活诸葛坐镇，南京城固若金汤，于是放弃逃跑念头，开始再次算计库房那快要见底的银子。
第三日上，萧云贵统领的西殿太平军大队到来，萧云贵和左宗棠商议之后，马上分兵夺占城外重要据点，以雨花台为核心，修筑大量营垒，又将陆建瀛抛弃在城外的炮台有效利用起来，昼夜轰击南京城。而对于张炳垣搞的小伎俩，萧云贵不屑于顾，命人换上匠人营按照吴三桂所遗开花弹新研制出来的开花弹猛轰，将城头那些渔网、牛皮炸得七零八落。但这种开花弹还是存在缺陷，所留引线很不稳定，要么就是落地不炸，要么就是在半空就炸，但还是有半数的炮弹能在落地后炸响。
萧云贵心疼那些炮弹，要知道制造一枚炮弹花费是不小的，所谓大炮一响，黄金万两，打炮就是打银子，如此的成功率让萧云贵肉痛不已。这时候他有些后悔，当年自己怎么不是学理科的？转头想问问四眼妹，但洪韵儿也没有好的办法，要她说历史、人物、名胜古迹，她可以如数家珍，但要问她机械火炮，她也是两眼一抹黑。最后萧云贵逼问得急了，洪韵儿娇怒道：“我不是百科全书，逼死我也没用，姐姐我不知道就是不知道！你最好派人尽快找到丁拱辰，或是别的火器专家，实在不行你可以派人到上海去请些洋人技师来啊！”
萧云贵这才死心，看来这四眼妹是真不知道，也难怪她和自己一样，都是学文科的，又怎会去看关于理科的书呢？虽然一些简单的原理大家都知道，但是机械、化学这些学问，失之毫厘可是谬以千里的，就像**，比例当中的细微差别，就能让成品火药的威力出现天渊之别，当中细节不明白的话，也等于不明白。萧云贵只能命白泽堂加紧搜罗火器专家，同时让宝庆商会和贵云商号也加入找人的行列，接着让两家商号还是向上海伸出行商的触角，准备开始和洋人接触。
到了夜晚，萧云贵到没像历史上洪杨的做法，放火焚烧城外寺庙、古迹，他号令全军，能保留的尽量保留。而且沿途过来，太平军并没有像历史上那样残酷的迫害僧侣、道士，要是换了洪杨打南京，沿途所过州县的寺庙、道观尽数被毁，僧侣道士被杀、被驱赶的无数。萧云贵并没有这样做，倒是让太平军的名声没有受损。
不过手下一些传教典官倒是提出了疑问，萧云贵晓谕全军说，那些不信我教的异教徒将来死后会下地狱受苦，天父皇上帝在每个人大限一到之时便会清算，无需太平军动刀。洪韵儿则说，天父皇上帝派大家在凡间就是要拯救这些迷途的羔羊，一刀杀了并不能解决问题，还是要让这么迷途的人感受上帝福音才能恩沐四方。众典官如何能辩得过洪韵儿？在洪韵儿嘴炮的洗脑下，深以为然，众典官更加积极的讲道理布道，西殿太平军改变了以往血腥压迫式传教方式，大大降低了百姓们的反感。
不过夜间萧云贵还是命令太平军发炮不断，同时号令各军使用心理战术恐吓陆建瀛，将士兵分为无数两司马为单位的小队，实施战术性的骚扰机动，引诱清军消耗炮火，昼夜不间断地佯攻，使得守城士兵白天吃不好，夜晚不能寐。
同时，白泽堂早就和南京城内的天地会部众取得了联络，童强胜带人在围城前扮作难民潜入了城内，和城内天地会部众一道，不断在城内搞破坏，晚上到处粘贴太平天国西王光复金陵的布告，搞得城内人心惶惶，士兵杯弓蛇影。清军虽然知道城内有奸细，但城外攻打甚急，城内将官各存私心，也没人顾得上打击城内奸细之事。随着白泽堂在城内活动的日益扩大，甚至将布告贴到了两江总督衙门外，让陆建瀛更是心慌不已，调了大批人马保卫自己的府邸，同时南京城清军的守城意志不断瓦解，已经是士气全无了。
加之太平军在城外示以仁义，许多南京百姓纷纷盼望太平军入城。在这样的百姓的翘首盼望之下，就算清军强逼着百姓青壮们上城助守，青壮们也是出工不出力，大炮一响就往后跑，清兵拦也拦不住。几次清兵阻拦不住，急得拔刀杀人，更增百姓对清军的怨恨，城内时有发生落单清兵、旗兵被百姓暗杀的事件，清军还道是城内奸细所为，但其实很大一部分是民间百姓干的。民心向背如此，南京城破已是必然。
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