日本使节团领头的还是老熟人川路圣谟，自从川路圣谟在与太平天国接触后向幕府上了著名的《川路状》后，日本幕府一直和太平天国保持了友好关系。在太平天国和俄国长达八年的远东北疆冲突战事中，日本一直保持和太平天国的一致步调，很多日本武士被征召随同太平军出征，共同与俄国人作战。
虽然通过抱太平天国的大粗腿，日本一改被俄国压迫的现状，取得了不少好处，但总体上还是被列强欺压的状况并未改善，而太平天国在结束英法俄战争之后，似乎也站在列强一边一同欺负日本。在这种情况下，国内的倒幕派也喊出了效仿太平天国的口号，将洪韵儿师夷长技以制夷的口号改了改，称作尊王攘夷，他们希望能向太平天国那样，发动起义结束国内软弱的幕府，然后与列强对抗，希望能发生太平天国那样的奇迹，战胜强大的列强，从而使日本一跃成为东方强国。
自从1853美国以武力胁迫日本开国以来，日本与俄、英、荷等国都签署了开国的条约，日本闭关锁国的体制崩溃。1858年幕府大老井伊直弼迫于外国压力，不待天皇敕许，迳自签订《日本国美利坚合众国修好通商条约》，主张攘夷的某些藩主和志士通过与幕府有矛盾的公卿策动天皇下诏，拒不批准签约，宣扬尊王攘夷。
1858年10月至1859年，幕府在京都、江户等地大肆逮捕尊王攘夷派志士，造成安政大狱。1860年攘夷派的水户、萨摩两藩的18名浪士为安政大狱的被害者复仇，刺杀大老井伊直弼于江户，史称樱田门外之变。
尊王攘夷运动的中心在长州藩，领袖有吉田松阴及其门生高杉晋作、久坂玄端等。尊王攘夷派的成员有各地的下级武士、乡士、豪农豪商、村吏、神官、国学者以及公卿中要求改革幕政或与幕府有矛盾的人物。1862年底至1863年初，尊王攘夷派策动天皇下诏，令幕府定期宣布攘夷，废约、闭港、驱逐外国人，当然这当中并不包含与日本常年通商的中国人。1863年1月31日，高杉晋作等火烧英国公使馆。6月6日，幕府被迫答应天皇，定于6月25日开始实行攘夷。6月24日幕府通告各国公使将关闭港口。
1863年6月25日及7月8日、11日，长州藩炮台先后炮击通过下关海峡的美国、法国、荷兰船只。在此之前，日本从中国进口了不少先进的火炮，特别是长州藩这些倒幕派的藩主们，更是从中国大量进口了太平军裁汰下来的各种火器和火炮，因此日本倒幕派的武装力量大大增强，也更加坚定了他们武装倒幕的决心。于是在下关炮轰列强舰队的战斗中，倒幕派取得了一些战果，列强舰队准备不足因此暂时败退。
7月16日、20日美法军舰先后攻打下关，进行报复。此时，高杉晋作组织了效仿太平军编练的新式军队——奇兵队，防守下关，战斗很激烈，但高杉的军队还是暂时守住了下关。
由于战火波及了日本整个海域，因此太平天国也借口保护商路和侨民派遣舰队来到日本。原本日本倒幕派认为太平天国来是帮助自己的，但很可惜，太平天国从始至终都是支持幕府的，因此很快太平天国的舰队也加入到列强的舰队中，一起对付倒幕派。其实原因很简单，倒幕派的活动已经影响了中日正常贸易，作为东亚列强的太平天国当然要武装干涉。
8月15日，中英两国联合舰队共27艘战舰进攻萨摩藩，萨摩藩主屈服，转向公武合体（皇室公卿与幕府及各藩的联合）。1863年9月30日，各国联合操纵的幕府势力与公武合体派在京都发动政变，赶走三条实美等倒幕七卿，大肆迫害尊王攘夷派。
到了1864年8月19日，久坂玄瑞等率长州藩兵入京都，与幕府操纵的京都守护军激战，久坂玄瑞等战败自杀。8月24日，幕府在太平天国驻日使馆的授意下，策动天皇下诏，以追究禁门之变为由发动第一次征讨长州藩的战争。英、中、美、法、荷五国联合舰队也于9月5日再次进攻下关，长州藩在内外夹攻下失败，对幕府屈服，保守势力重新掌握藩政，高杉晋作等被迫逃亡。
斗争的失利使尊王攘夷派重新考虑战略，1865年春，高杉晋作再度举兵，主张开港讨幕，不再提攘夷，意思就是承认各国在日本的商贸利益，但仍旧准备推翻幕府。至此，尊王攘夷运动向武装倒幕转化，并与萨摩藩结成秘密军事同盟。与此同时，英国也权衡利害，改变策略，援助倒幕派。而太平天国则认为一个混乱的日本更加符合太平天国的利益，于是进一步加强支持幕府，而法国人这一次站在了太平天国这一边，一起支持日本幕府的统治。
于是，倒幕派在1865年开始，在英国的支援下对幕府发动了多次武装进攻，日本幕府有些招架不住，因此派遣了使团前来太平天国寻求帮助。
在北京紫禁城乾清宫内，萧云贵亲切的接见了日本盆友，很快双方就达成了一笔五百万英镑的军火交易，太平天国以平价的价格出售武器给日本幕府，并且答应派遣太平军退役军官以私人身份替幕府训练和整编新式军队。
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