由于“肇和号”起义在这个时候制造出来的舆论声势，为中华革命党增加了不少筹码，在昆明的廖仲恺等人也借题发挥，再三要求推举孙中山出任护国军政府总理。唐继尧个人经过深思之后，最终决定退让一步。他很清楚即便是让孙中山当上这个总理，也是一个好无实权的总理，西南这些军阀没有一个人听命于其，无非是当一个摆设，借助其革命名声来为护国军政府博取更多的支持。
于是在十一月中旬，孙中山从香港秘密赶赴昆明，出席了护国军政府成立大典，并且宣誓就职护国军政府总理。
而同样是这几天时间里，在蔡锷一手操持之下，很快便完成了西南四省各路军队的编制草案。按照计划，一共组编成了四个梯队：第一梯队总司令由蔡锷亲自坐镇指挥，麾下辖云南陆军第一师和顾品珍第二师；第二梯队总司令为王文华，麾下下黔军五个混成旅；第三梯队总司令熊克武，除了川军三个师之外，包括赵又新和黄毓成以及贵州驻四川的三支部队，全部都归属第三梯队指挥。
至于第四梯队是实力最弱、兵力最少，而且编制情况也是最复杂的一支。蔡锷经过再三思索之后，决定还是任命刘震寰出任第四梯队总司令，编制杨希闵、刘古香等杂牌部队，结合中华革命党在粤北和湖南长沙、衡阳一带的兵力，勉强促出了一万多人的部队。
但是第四梯队因为地域复杂，需要应付的北洋军和支持北洋政府的地方军阀众多，因此蔡锷在给刘震寰下达命令的时候特别加以嘱咐，不必正面与敌人硬碰硬，而是尽可能采取敌后游记作战，或者潜伏于山野之中加以骚扰，只要能拖延陆荣廷、汤芗铭的部队，并且制造足够的声势动静即可。
到了十五日，所有命令全部配发到位，四个梯队的兵力也都遵照蔡锷的吩咐，赶赴到制定地区集结，做好随时可以出征的准备。
当天晚上，蔡锷、唐继尧、孙中山、任可澄、刘显世等人联名发布通电，以护国军政府的名义要求袁世凯即刻取消帝制。然而直到第二天早上，北京方面都没有对这份电报做出任何回应。蔡锷、唐继尧等人心知肚明，以袁世凯目前的声势而言是绝不会在这个时候取消帝制，他们的联名通电只怕也只不过是捞痒痒。
于是在第二天，众人再次联名发出通电，不过这次他们并没有在抱有任何希望，仅仅是在要在气势上多争取一些优势。此次通电的内容之中，他们果断还增加了另外一些要求，除了袁世凯立刻取消帝制之外，还必须引咎辞去大总统之职，否则护国军政府必会采取军事行动来维护共和。
尽管这两份联名电报没有给袁世凯带来太大的压力，但是结合这段时间南方诸省、地区频频爆发的反帝制运动，以及中华革命党近乎玩命似的大肆抨击和制造各式各样的起义，理所当然的引起了民间极大的反应。
不管是支持帝制还是反对帝制，又或者是无所谓态度的人们，不约而同都觉察到这次南方把事情闹得这么大，国内势必又会掀起一次兵祸。同样因为这件事，使得越来越多的人由厌倦兵灾战祸而联想到帝制所带来的具体好处。可见称帝与否都是那些官老爷们得利，他们这些小老百姓又真正获得什么了？
不仅依然一无所有，反而连一份太平的生活都无从保障。等到兵祸横行，平头小百姓们肯定会陷于水火之中。倒不如不要称帝，南北之间好歹还能有一份平静。正是有了这样的念头，不少之前跟风拥戴帝制的小老百姓们不知不觉之间开始转而埋怨帝制。
然而，毕竟都是一些文化程度不高的星斗小民，他们是没想过也不敢想去反对帝制，仅仅是表现出对帝制的担忧和发牢骚罢了。
面对国内越来越动荡的局势，袁世凯不得不对唐继尧、蔡锷等人联名通电做出答复。只是他从始至终都没有畏惧过这些反对派的军阀势力，相反在登基成为皇帝之后，心思便渐渐转移到如何平复国内反帝制的浪潮。因此在给云南发去的复电当中，他首先痛斥蔡锷背信弃义，又指责唐继尧等人与帝国通缉犯孙中山为伍，更是私下调集兵力意图谋反，叛国之罪名已是不争的事实。
这份复电唯一的作用就是要跟护国军政府争抢舆论声势，对外公布护国军政府是叛国的非法组织，并且还专门针对护国军政府提出的一些要求进行逐条批评，用尽巧言令色来维持帝制的正统形象。
没过多久，袁世凯甚至在西南护国军政府还没有宣布独立并开始下一步行动之前，抢先对十二师和十五师下达命令，以叛国罪立刻逮捕蔡锷、唐继尧、熊克武等人，军队即日向叛军集结地发起进攻。
前前后后磕碰了一个月之久，南北中国的战火总算是无可避免并发起来。
最先传来战事消息的是四川。陈宦以第十五师为主力部队，又集合了川军中支持北洋政府的刘存厚、王陵基两部人马，由重庆和泸州两地，分别向成都、自贡、宜宾三地展开进军。
虽然熊克武的川军以及驻扎在川内的滇军、黔军合起来也有三万之众，第十五师是满编中央师，总兵力却不到两万，但一方面中央军武器装备精良，后勤供应充足，又占据极其优势的地理位置，可谓是进可攻退可守。加上刘存厚、王陵基的两路大约一万五千人的川军部队，总兵力与护国军第三梯队相差无几。
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